Tiền thân là những doanh nghiệp hoạt động trong các ngành công nghiệp mũi nhọn thuộc Sở Công Nghiệp TP. Hồ Chí Minh, CNS được thành lập theo chủ trương sắp xếp đổi mới các doanh nghiệp Nhà nước của Lãnh đạo Thành phố. Sự ra đời của CNS góp phần cho sự phát triển ngành công nghiệp Thành phố Hồ Chí Minh, một thành phố được xem là biểu tượng của sự năng động và là đầu tàu trong ngành thương mại, dịch vụ khoa học kỹ thuật, công nghiệp Việt Nam.
Ngày 27 tháng 03 năm 2006, trên cơ sở kết hợp các đơn vị sản xuất công nghiệp thuộc Sở Công nghiệp TP. Hồ Chí minh, Tổng Công ty Công nghiệp Sài Gòn được thành lập với 8 công ty con, 3 công ty liên kết và 5 nhà máy trực thuộc. Các ngành nghề kinh doanh chủ lực là Cơ khí chế tạo máy, Hóa chất, Điện tử - Công nghệ thông tin và Thực phẩm.
Với sự vận động phát triển không ngừng nghỉ, CNS đã phát huy những lợi thế của việc tổ chức sản xuất kinh doanh trong các khu công nghiệp. Năm 2007, CNS đã thực hiện chiến lược phát huy năng lực lõi kết hợp với đa dạng hóa ngành nghề với mục tiêu mang lại hiệu quả cao thông qua các hình thức đầu tư, liên kết hợp tác với các đối tác lớn trong và ngoài nước để từ đó đưa mức doanh thu bình quân hàng năm tăng với tỷ lệ hai con số. Bên cạnh đó, liên tục nhiều năm liền, CNS là đơn vị nộp ngân sách lớn thứ 4 của TP. Hồ Chí Minh và đứng thứ 2 trong việc nộp ngân sách của ngành thuốc lá.
Từ những thành quả đạt được trong thời gian qua, ngày nay Tổng Công ty Công nghiệp Sài Gòn - Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên đã được công nhận là một trong những đơn vị công nghiệp đạt hiệu quả cao với tốc độ phát triển nhanh và ổn định của Thành phố.
Tổng Công ty được Thủ tướng Chính phủ xếp hạng doanh nghiệp đặc biệt lần thứ hai.